A l'interface des 3 programmes, l’ambition de la ZA-Seine est aussi de faciliter l’étude globale du fonctionnement du système Seine en s’appuyant sur des projets à l'échelle du continuum Seine, qui intègrent le fonctionnement de la société (pressions, services écosystémiques, gestion du patrimoine environnemental) et qui couvrent quelques thématiques structurantes :
| Le bilan hydrologique et sédimentaire sous l’effet du changement climatique : Modélisation couplée surface-souterrain sur le bassin versant en lien avec les forçages climatiques et intégrant les systèmes karstiques, la résilience de la ressource en eau, pressions et attentes de la société. Modélisation du fonctionnement hydro-sédimentaire de l’estuaire et évolution morphologique sous forçage du niveau marin, des apports du bassin. et de l'aménagement du milieu. |  |
 |
Les cycles biogéochimiques et production primaire : Suivi haute fréquence cohérent de Paris à la mer ; chaîne de modélisation des processus "bassin versant - fleuve - estuaire - baie de Seine". Construction et étude de l'impact de scénarios d’évolution du système agro-alimentaire sur le fonctionnement de l’écosystème côtier dont l’efflorescence d’algues toxiques. |
| La contamination chimique et les perturbations associées : Bilan et modélisation de la contamination, développement d’outils d’évaluation des perturbations fonctionnelles sur les organismes aquatiques le long du continuum complet (des petits bassins versants amont à la baie de Seine). |  |
 |
Les enjeux environnementaux du vaste projet de développement de l’Axe Seine de Paris à la Mer : Une approche prospective pluridisciplinaire autour de multiples questionnements croisés : impacts sur morphologie du fleuve ; compensation écologique ; restauration du milieu, continuité écologique piscicole ; évolution de l’occupation des sols et ruissellement, risques inondations ; pression de l’évolution démographique sur les ressources en eau ; associer les différents publics pour favoriser un aménagement vertueux. |